房贷利息低于1000元怎么扣除

房贷利息抵扣1000元不是房贷利息支出要达到1000元，而是指的从纳税人当月应纳税的额度里减去1000元，所以就算房贷利息低于1000元也是能扣除的，扣除标准为1000元，最高扣除期限为实际发生贷款利息的年度不超过240个月。

贷款人在个税APP申报房贷利息支出扣除时，在比例选择上可以选择为自己或者配偶100%扣除，也可以双方都在个税APP申报每方的比例选择为50%，一旦申报成功后当年的扣除比例是不能更改的，实在要修改也要等下一年的12月重新确认后再修改。

1、通过扣缴义务人申报：

这种指的是向单位申报个人信息，每个月税务机关会把专项附加扣除相关信息全量推送至单位，单位可以从代扣缴软件获取员工已经报送的专项附加扣除信息，并从中计算出员工应预扣预缴的税款，再向税务机关办理全员全额纳税申报。

最后从工资中减去应缴的税款，剩下的就是你的到手工资了。

2、综合所得年度自行申报：

这种指的是直接向税务机关申报，即每个月单位发放工资时正常扣税，然后由纳税人自己在第二年去税务机关办理汇算清缴，并将有关信息提供给税务机关，让税务部门其办理退税。

总而言之，个人所得税扣除申报方式选哪个主要还是看你个人意愿吧，希财君建议如果是单位职工的话最好选择第一种申报方式，就不用再请假去税务部门办理退税了。而若是自由职业者或者个体户的话，可以选择第二种申报方式。